典型的症状是尿道有刺痒感，并有尿急、尿痛及小便不畅。男性患者的特点是晨起排尿或较长时间不小便时，可见到尿道口外有少量的粘液分泌物。有一部分患者可无症状或者症状不明显，此种患者占非淋菌性尿道炎的30%～40%。

    女性患者的表现更轻，有的无任何症状，有的表现不明显。有一些人发病后仅有尿频或排尿不畅，一般没有尿痛现象。但患者的泌尿生殖道带有衣原体或支原体，虽无症状但性交时可传染给性伴侣。女性患者的症状不明显或无症状并不是一件好事，因为得不到重视，不能主动就诊，这给病原体造成了可乘之机，它们可向深处入侵，可感染子宫颈，使之发炎和糜烂；有的还可发生子宫内膜炎和输卵管炎。