尖锐湿疣可以发生癌变。15%阴茎癌、5%女阴癌及相当数量的肛门癌是在长期存在的尖锐湿疣的基础上发生的。它们可以转化为鳞状细胞癌，这种转化通常要5~40年。有学者报告，4.7%~10.2%的宫颈尖锐湿疣，经过一个长的潜伏期后可发展为原位癌或浸润性癌。目前认为，尖锐湿疣与生殖器癌之间关系密切，特别是宫颈癌。