尽管根据临床症状和体征以及EB 病毒血清学、CT/MRI影像和间接鼻咽镜或鼻咽光导（电子）纤维镜检查及病理活检，一般不难对鼻咽癌作出正确诊断。然而，在临床上仍需要根据鼻咽肿物及颈淋巴结的特点与鼻咽腺样体增生、鼻咽结核、鼻咽坏死性肉芽肿、鼻咽血管纤维瘤、鼻咽脊索瘤、颈淋巴结结核、颈淋巴结炎、恶性淋巴瘤、以及颅内鞍区肿瘤如垂体瘤、颅咽管瘤侵及鼻咽顶壁的良性和恶性病变等疾患鉴别。