宝宝不幸罹患肛瘘后，由于瘘管内衬有上皮细胞或肉芽组织，自身愈合困难；同时粪便不时污染和多次感染，使得肛瘘愈合更是遥遥无期；如果赶上宝宝爱拉稀，尤如雪上加霜，自愈几乎无望，所以，肛瘘自愈的可能性很小。因此碰到肛瘘外科医生总是先控制肛周感染，而后安排手术治疗。

    手术方法因外瘘口的位置和婴儿的性别及合并症而定，具体治疗方案如下：首先因本病的危害不大，故手术设计宜从简。

    ①男孩肛瘘除直肠尿道瘘外，通常采用挂线手术治疗，所谓挂线是指用带针眼的探针，带着线和橡皮筋穿过肛瘘内、外口及瘘管，将橡皮筋和线系紧，这样，线像一把锯将瘘管逐渐切开，与此同时伤口逐渐愈合，从而使肛瘘消失。由于方法较简单，可以在门诊手术室或治疗室中实施。

    ②女孩肛瘘则需视情况而定，若为普通肛瘘，亦采用挂线手术治疗；直肠大阴唇瘘可采用分期挂线手术治疗；直肠前庭瘘、低位直肠阴道瘘分别采用“H”成形手术或直肠内修补术，所谓H手术是指在从会阴部做切口，在切口基础上于直肠和阴道间分离，从而离断瘘管达到治愈的目的；所谓直肠内修补术是指在肛门内直肠瘘口处行瘘管切除修补，而会阴处无切口；高位直肠阴道瘘有时须从骶尾部做切口。以上两种女孩肛瘘手术一般需住院实施。

    普通挂线治疗可不受年龄限制，瘘修补手术安排在6个月至1岁以后进行。平素家长应注意病儿肛门清洁，减少腹泻，瘘口假性愈合继发感染时要及时引流，并控制感染。有少数病例肛瘘可自愈。经久不愈瘘应查免疫功能，可在内科专业医生指导下，增强病儿免疫能力，否则单纯手术，这种病例常复发，或出现多发瘘。